การปกครองของกรุงธนบุรี มีลักษณะตามแบบแผนสมัยอยุธยาตอนปลาย ซึ่งมีการแบ่งส่วนราชการดังต่อไปนี้
การบริหารราชการส่วนกลาง
มีตำแหน่งอัครมหาเสนาบดี 2 ตำแหน่ง คือ
สมุหพระกลาโหม ดูแลฝ่ายทหาร มีเจ้าพระยามหาเสนาบดีเป็นหัวหน้า และสมุหนายก ดูแลฝ่ายพลเรือน มีเจ้าพระยาจักรีเป็นหัวหน้า กับมีตำแหน่งเสนาบดีจตุสดมภ์ อีก 4 ตำแหน่งซึ่งขึ้นตรงต่อสมุหนายก คือ
-กรมเมือง(นครบาล) มีหน้าที่เกี่ยวกับการปกครองภายในราชธานี และรักษาความสงบเรียบร้อยในพระนคร
-กรมวัง(ธรรมาธิกรณ์) มีหน้าที่ เกี่ยวกับราชสำนักและช่วยพระมหากษัตริย์ในการพิพากษาคดี
-กรมคลัง(โกษาธิบดี) มีหน้าที่เกี่ยวกับการเก็บเงินผลประโยชน์ของแผ่นดิน และดูแลด้านการติดต่อกับต่างประเทศ
-กรมนา(เกษตราธิการ) มีหน้าที่เกี่ยวกับเรือกสวนไร่นาของประชาชน และการเก็บภาษีหางข้าว
การบริหารราชการส่วนภูมิภาค ยังคงมีการแบ่งออกเป็นหัวเมืองชั้นต่างๆ คือ
-หัวเมืองชั้นใน เป็นเมืองที่อยู่รายรอบราชธานี มีผู้ปกครองเรียกว่า ผู้รั้ง จัดเป็นหัวเมืองชั้นตรี ขึ้นตรงต่อเสนาบดีจตุสดมภ์
-หัวเมืองชั้นนอก(เมืองพระยามหานคร) เป็นเมืองที่อยู่นอกเขตราชธานีออกไป แบ่งออกเป็นชั้นเอก โท ตรี ตามขนาดและความสำคัญของเมืองนั้น ผู้ปกครองเป็นข้าราชการชั้นผู้ใหญ่ที่ถูกส่งไปจากราชธานี
-หัวเมืองประเทศราช หัวเมืองประเภทนี้ เป็นเมืองของต่างชาติที่มาขึ้นกับไทย เมืองเหล่านี้มีหน้าที่ต้องส่งเครื่องราชบรรณาการมาถวายตามกำหนด ในสมัยกรุงธนบุรี มี กัมพูชา ลาว ลานนา และที่พิเศษในสมัยนี้ก็คือเมืองนครศรีธรรมราช ได้ถูกยกเป็นประเทศราชด้วยเพราะพระองค์ต้องการให้เมืองนี้เป็นกองกำลังสำคัญ ทางฝ่ายใต้ในการควบคุมดูแลและขยายกิจการทางใต้ต่อไป

ลักษณะการปกครองในสมัยอยุธยา
การปกครองแบบจตุสดมภ์
ในสมัยกรุงศรีอยุธยานี้สมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 (พระเจ้าอู่ทอง) ได้ปรับปรุง ระบอบการปกครองในส่วนกลางเสียใหม่เป็นแบบจตุสดมภ์ตามแบบอย่างของขอม โดยมีกษัตริย์เป็นผู้อำนวยการปกครอง การปกครองประกอบด้วยเสนาบดี 4 คนคือ ขุนเมือง ขุนวัง ขุนคลัง ขุนนา พร้อมทั้งได้ตรากฎหมายลักษณะอาญาหลวงและกฏหมายลักษณะอาญาราษฎรเพื่อเป็นบรรทัดฐานในด้านยุติธรรมการบังคับบัญชา ในส่วนกลางแบ่งออกเป็น
-ขุนเมือง ทำหน้าที่บังคับกองตระเวนซ้าย ขวา และขุนแขวง อำเภอ กำนันในกรุงบังคับศาลพิจารณาความฉกรรจ์มหันตโทษ ซึ่งแบ่งเป็นแผนกว่าความนครบาลแะคุมไพร่หลวงมหันตโทษ ทำหน้าที่ตะพุ่นหญ้าช้าง
-ขุนวัง ทำหน้าที่รักษาพระราชมนเฑียร และพระราชวังชั้นนอกชั้นในเป็น พนักงานจัดการพระราชพิธีทั้งปวงทั่วไป และบังคับบัญชาข้าราชการฝ่ายหน้า บรรดาข้าราชการ ซึ่งมีตำแหน่งอยู่ในพระบรมมหาราชวังชั้นในและข้าราชการฝ่ายในทั่วไปมีอำนาจที่จะตั้งศาลชำระความซึ่งเกี่ยวข้องได้ ราชการในกรมวังนี้มีความละเอียดกว่าราชการในกรมเมืองต้องรู้วิธีปฏิบัติราชการ มีความจดจำดีมีความขยันหมั่นเพียรและ ต้องใช้ความรู้ความสามารถ
-ขุนคลัง ทำหน้าที่ในการบังคับบัญชาในเรื่องเกี่ยวข้องกับการเงิน ซึ่งจะเข้าในพระคลังและที่จะจ่ายราชการบังคับจัดการภาษีอากรขนอนตลาดทั้งปวงและบังคับศาลซึ่งชำระความเกี่ยวข้องด้วยพระราชทรัพย์ของหลวงทั้งปวง
-ขุนนา มีหน้าที่ดูแลรักษานาหลวงเก็บค่าเช่าจากราษฎร เป็นพนักงานจัดซื้อข้าวขึ้นฉางหลวง เป็นพนักงานทำนาตัวอย่าง ชักจูงราษฎรให้ลงมือทำนาด้วยตนเองเป็นผู้ทำนุบำรุงชาวนาทั้งปวงไม่ให้เสียเวลาทำนา นอกจากนั้นยังมีอำนาจที่จะตั้งศาลพิพากษา ความที่เกี่ยวข้องด้วยเรื่องนาและโคกระบือ